Stiftungszweck der Regensburger Universitätsstiftung ist die Förderung der Universität Regensburg. Die Stiftung erfüllt diese Aufgabe zum einen, indem sie selbst Fördergelder vergibt, und zum anderen dadurch, dass sie als Dachstiftung für weitere Stiftungen fungiert, die ihrerseits ebenfalls die Universität Regensburg fördern.